Over auto-immuunziekten is nog veel onbekend. Wel weten we dat het erfelijk materiaal (genen) een belangrijke rol speelt, in combinatie met invloeden van buitenaf. Afwijkingen in één of meer genen maken iemand vatbaar voor dergelijke ziekten. Vatbaarheid betekent niet dat de ziekte zich ook altijd ontwikkelt. Soms hebben meerdere familieleden dezelfde genafwijking, en ontwikkelen enkele familieleden de ene auto-immuunziekte, krijgen andere een andere auto-immuunziekte, en weer andere worden helemaal niet ziek. De wijze waarop geërfde genafwijkingen tot uiting komen, wordt namelijk beïnvloed door de wijze waarop iemands afweersysteem reageert op bepaalde prikkels, milieu-invloeden en omstandigheden als zonlicht, veroudering, virusinfecties, chronische stress, hormonen en zwangerschap.
Vrouwen, vooral in de vruchtbare leeftijd, lijken vatbaarder te zijn voor auto-immuunziekten dan mannen. Soms speelt etniciteit een rol: bepaalde auto-immuunziekten komen vaker dan gemiddeld voor onder bepaalde bevolkingsgroepen. In de Verenigde Staten bijvoorbeeld lijden vrouwen met Afrikaanse of Latijn-Amerikaanse voorouders vaker aan
lupus erythematodes dan vrouwen die van blanke Europeanen afstammen.