Al tijdens de zwangerschap worden bij een ongeboren meisjesbaby door de eierstokken alle eicellen aangemaakt voor haar hele verdere leven. Bij een zwangerschapsduur van ongeveer zes maanden bevatten de eierstokken van het ongeboren kindje ongeveer zes tot zeven miljoen eicellen. Hiervan gaan er veel al voor de geboorte ten gronde. Bij de geboorte heeft de baby nog ongeveer twee miljoen eicellen en tegen de tijd van de eerste menstruatie zijn er nog ongeveer 300.000 over. Dit zijn er meer dan voldoende omdat een vrouw in haar leven ongeveer 500 menstruatiecycli heeft. Dit betekent dat er in totaal dus maar 500 eicellen echt tot rijping komen.
Iedere vrouw heeft twee eierstokken, één rechts en één links van de baarmoeder, vol met eicellen. De eicellen zitten in een blaasje dat wordt omgeven door cellen. Dit geheel wordt een follikel genoemd. Tijdens de menstruatiecyclus worden in de hersenen hormonen aangemaakt die effect hebben op de eierstokken. Een van deze hormonen is het follikel stimulerend hormoon (FSH) dat ervoor zorgt dat in de eierstokken een aantal follikels gaat groeien. Deze follikels vullen zich vervolgens met vocht en verplaatsen zich naar de buitenzijde van de eierstok. Slechts één follikel zal helemaal uitrijpen, deze wordt de Graafse follikel genoemd. Onder invloed van de Graafse follikel gaat het hersenaanhangsel vervolgens het luteïniserend hormoon (LH) afscheiden. Door dit LH wordt de Graafse follikel nog groter en barst uiteindelijk open waarna de rijpe eicel uit de follikel vrijkomt. Dit proces wordt de eisprong of ovulatie genoemd. In welke eierstok een rijpe eicel springt is willekeurig, het is bijvoorbeeld niet zo dat de ene maand links en de maand erna rechts een eisprong is.
De eierstokken staan in contact met de eileiders, die aan beide zijden aan de bovenkant van de baarmoeder ontspringen. De binnenbekleding van de eileiders bestaat uit sterk geplooid slijmvlies en in de wand zitten spiertjes. Na de eisprong vangt één van de eileiders de vrijgekomen eicel op waarna vervolgens eventuele bevruchting door een zaadcel plaatsvindt. Zeer kleine spiersamentrekkingen vervoeren de al dan niet bevruchte eicel dan via de eileiders naar de baarmoederholte waar de innesteling gebeurt. Deze reis van eileider naar baarmoederholte duurt drie tot vier dagen.
Na de eisprong sluit de Graafse follikel in de eierstok zich weer en wordt dan het gele lichaam of corpus luteum genoemd. Het gele lichaam maakt progesteron, dit is een vrouwelijk hormoon, dat er samen met een ander vrouwelijk hormoon genaamd oestrogeen voor zorgt dat de baarmoeder klaar is om een bevruchte eicel te ontvangen. Onder invloed van deze hormonen wordt namelijk in de baarmoederholte het slijmvlies dikker en beter doorbloed zodat innesteling mogelijk wordt. De plaats van innesteling is willekeurig en kan in principe overal in de baarmoeder zijn. In de eerste weken na de bevruchting is de moederkoek nog niet aangelegd en wordt de bevruchte eicel van voeding voorzien door voedingsstoffen uit de klieren in het baarmoederslijmvlies.

Als er geen bevruchting van de eicel plaatsvindt sterft het gele lichaam langzaam af en vermindert de productie van het progesteron. Hierdoor kan het baarmoederslijmvlies niet meer in stand worden gehouden en wordt afgestoten. Deze afstoting veroorzaakt het vaginale bloedverlies tijdens de menstruatie.
Vervolgens begint de hele cyclus opnieuw. Bij de meeste vrouwen treedt in totaal twaalf tot dertien keer per jaar een menstruatiecyclus op.