De ernst van de verschijnselen van de aandoening verschilt van persoon tot persoon en neemt toe naarmate de patiënt ouder wordt.
Vrijwel altijd zijn er afwijkingen in het skelet, in de ogen en in hart en bloedvaten. Mensen met het syndroom van Marfan zijn erg lang en slank. Hun armen, benen, vingers en tenen kunnen in verhouding langer zijn dan de rest van het lichaam. Hun vingers zijn vaak extreem lang, we spreken van arachnodactylie (spinnenvingers). Ze hebben vaak een lang, smal gezicht en een verhoogd gehemelte, waardoor de tanden dicht op elkaar staan. Het borstbeen (sternum) kan naar binnen (pectus excavatum) of naar buiten (pectus carinatum) wijzen, er kan sprake zijn van een abnormale kromming van de wervelkolom (scoliose), en de gewrichten kunnen zeer beweeglijk zijn door het gebrek aan stevigheid van de gewrichtsbanden.
Bij de meeste mensen met het syndroom van Marfan is de lens van één of beide ogen verschoven. Ze lijden vaak aan oogafwijkingen als bijziendheid (myopie), en sommigen ontwikkelen glaucoom (verhoogde druk in de oogbol), of grijze staar (vertroebeling van de ooglens).
Verder is er vaak sprake van afwijkingen aan het hart en de bloedvaten. De klep tussen de linkerkamers van het hart kan vergroot zijn en uitpuilen (mitralisklepprolaps). Deze aandoening kan verschijnselen veroorzaken zoals moeite met ademhalen, snel vermoeid raken, en een zeer snelle of onregelmatige hartslag (hartkloppingen). In de grote slagader (aorta), die bloed vervoert van het hart naar de rest van het lichaam, kan de aortawand zwak zijn en gemakkelijk uitrekken, waardoor de aorta wijder wordt (dilatatie van de aorta). Dit kan er uiteindelijk toe leiden dat de aorta scheurt, wat fataal kan zijn.
Andere, minder vaak voorkomende afwijkingen zijn te vinden in hersenvliezen, huid en longen en buikwand.
- Hersenvliezen: het aangetaste bindweefsel in de hersenen en het ruggenmerg kan het harde hersenvlies (dura mater) verzwakken en uitrekken, waardoor de onderste ruggenwervels worden belast en aangetast. Dit kan licht ongemak of een uitstralende pijn in de buik of benen veroorzaken.
- Huid: mensen met het syndroom van Marfan ontwikkelen ook striae op hun huid, zelfs als hun gewicht niet aan veranderingen onderhevig is.
- Longen: aangetast bindweefsel in de longen kan tot gevolg hebben dat de luchtblaasjes dunner worden, waardoor ze kunnen scheuren en er abnormaal veel lucht in de longen terecht kan komen (spontane pneumothorax).
- Buikwand: door verzwakt bindweefsel van de buik is de kans op het ontwikkelen van een buikwandhernia, groter.