Meestal worden craniofaryngiomen pas ontdekt als ze al langer bestaan en tamelijk groot zijn (groter dan drie centimeter in doorsnee). Andere belangrijke structuren in hun omgeving komen dan in de knel en dit veroorzaakt klachten.
Door druk op de oogzenuw bijvoorbeeld kan een deel van het gezichtsveld uitvallen en gaat het gezichtsvermogen achteruit.
De tumor kan ook de hormoonproductie van de hypofyse belemmeren.
Dit kan klachten veroorzaken als:
- groeistoornissen en vertraagde puberteit
- overmatige dorst en urineproductie (diabetes insipidus)
- melkachtige afscheiding uit de borsten
- klachten passend bij een te traag werkende schildklier, zoals vermoeidheid, traagheid, kouwelijkheid en verstopping
- verstoring van de menstruatiecyclus of verlies van seksueel verlangen
- psychische klachten, zoals depressie.
Door een toename van de druk in de schedel kunnen hoofdpijn, misselijkheid en braken, en evenwichtsstoornissen ontstaan.